Vivemos hoje na iminência de um dos invernos mais desafiantes para os sistemas de saúde mundiais. A atual pandemia da COVID-19 veio precipitar a necessidade de desenhar estratégias rápidas e eficazes no diagnóstico de infeções respiratórias. De acordo com a Organização Mundial da Saúde (OMS), o Coronavírus da síndrome respiratória aguda grave 2 (SARS-CoV-2), a 3 de outubro de 2020, era já responsável por 34 495 176 contágios e 1 025 729 vítimas mortais. Antes deste, já as infeções víricas do trato respiratório eram anualmente responsáveis por morbimortalidade significativa em todo o mundo.
O SARS-CoV-2 é um vírus de RNA, que apresenta a estrutura típica dos betacoronavírus, com um genoma que inclui duas regiões não traduzidas (5’ e 3’), uma região conservada (ORF1ab) e quatro genes S, E, M e N, que codificam as proteínas estruturais spike, envelope, membrane e nucleocapsid, respetivamente. Após divulgada a sequenciação do vírus, foram desenvolvidos primers dirigidos a estas regiões, passando a ser possível a amplificação de ácidos nucleicos (AAN), para detetar RNA viral em amostras clínicas.

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