Sequenciação Total do Genoma Como Ferramenta Para Investigar em Tempo Real um Simulacro de Surto por Klebsiella pneumoniae Resistente aos Carbapenemos

Resumo

Introdução: As infeções associadas aos cuidados de saúde por Klebsiella pneumoniae resistente aos carbapenemos (CRKP) são uma preocupação nos hospitais portugueses. A sequenciação total do genoma [whole genome sequencing (WGS)] pode ajudar no controlo de infecção, mas esta prática não é comummente utilizada nos laboratórios clínicos hospitalares em Portugal. O objetivo deste estudo foi simular a investigação de um surto causado por CRKP, utilizando WGS. Pretendia-se testar a utilização desta técnica e determinar, no menor tempo possível, relações genéticas entre estirpes.
Material e Métodos: Foram analisados dez isolados clínicos de CRKP. Foram obtidas quarenta amostras ambientais que foram inoculadas em meio seletivo para isolamento de colónias sugestivas de CRKP e depois sequenciado o DNA total dos isolados presumptivamente identificados como CRKP A relação clonal entre as estirpes foi determinada por multi-locus sequence typing e análise de single nucleotide polymorphisms no genoma core. Foi determinada a presença de genes de carbapenemases.
Resultados: Os isolados clínicos foram caraterizados em 48 horas: oito isolados foram confirmados como CRKP. A maioria pertencia ao ST13 (n = 6) e possuía o gene blaKPC-3. As amostras ambientais foram caraterizadas em seis dias: foram isoladas oito CRKP, das quais cinco eram ST13 e continham o gene blaKPC-3. Os isolados ST13 clínicos e ambientais eram muito semelhantes entre si: dez dos 11 isolados diferiam entre si em menos de 0,001% dos 2 172 367 nucleótidos core analisados.
Discussão: A sequenciação total do genoma pode ser usada como uma ferramenta útil para investigar infecções nosocomiais e rastrear cadeias de disseminação em tempo real.
Conclusão: Em Portugal, o uso desta técnica em controlo de infecção pode ser implementado através de colaborações entre hospitais e institutos de investigação.